高杉晋助是武装反政府集团鬼兵队领袖，大量刺杀幕府官员并制造动乱，被称为“攘夷志士中最过激、最危险的男人”并遭到幕府通缉。
煽动自己部下的父亲，痛失爱子的机械技师平贺源外在节日祭典上袭击将军，但被银时挫败，并饱尝老拳。
之后又聘用了铸剑师村田铁矢，秘密研发并批量生产了智能生物机械“红樱”准备进攻江户。但携带了红樱的冈田似藏擅自行动，重伤了银时与桂。导致万事屋一伙与桂一派攘夷志士与高杉部火拼。这时假扮成伊丽莎白的桂小太郎突然现身砍了高杉一刀，而幼时的课本救了高杉一命。此间高杉派河上万齐与春雨谈判并结成同盟，春雨也参与进了双方火拼。从此桂、银时与高杉决裂。
此后高杉又利用自命不凡的真选组参谋伊东鸭太郎，计划肃清近藤勋一派来分裂破坏真选组 。一方面也转移了警方力量，帮助“春雨”偷渡与幕府高层达成密约。
在春雨总部里遇到了第七师团师团长神威，并相约决斗。然而高杉和阿呆提督合作暗算了神威，然而高杉知晓阿呆提督无能，不配互相利用。于是借探监时机与神威结盟，在刑场上假借行刑名义救出神威，两人联手歼灭阿呆提督及其势力，并扶持神威当上了春雨提督。
与见回组局长佐佐木异三郎有来往，在一国倾城篇末尾潜入监狱刺杀前任将军德川定定。死神篇跟下届将军立志革新幕府的一桥派少主喜喜对话，直言一桥派若与幕府（现任）为敌就是盟友，反之就是敌人。
高杉妄图扶持一桥喜喜上台，而在现任将军德川茂茂上京途中对其行刺。行动前神威误以为高杉指的是一桥喜喜而把一桥喜喜打成重伤，高杉将计就计造成一桥喜喜遇刺的假象摆脱一桥派刺杀将军的嫌疑。得知将军未死而是潜伏在伊贺后大举进攻伊贺。并捅伤了猿飞菖蒲，之后与赶来的坂田银时陷入苦战。两人僵持不下时被天道众掷来的刀刺穿腹部倒地，在银时与胧对战时拔出刀刺瞎了胧的左眼。随后被神威搀走昏迷不醒。
当一切平息之后，来岛又子出现在秋叶原，带来了第七师团和鬼兵队被神晃袭击，神威和高杉下落不明的消息。
事实上被第七师团残余的夜兔救出，在洛阳星养伤，一直昏迷不醒。在虚与春雨攻击洛阳，被鬼兵队残余转移的时候，遭炮击掉下悬崖，幸而被神威接住，继而苏醒。与随后赶到的坂本、银时和桂并肩作战。
